Terminal kolejowy znajdujący się na terenie Bałtyckiego Terminala Kontenerowego jest częścią infrastruktury kolejowej należącej do Zarządu Morskiego Portu Gdynia.
Torowisko BCT dzieli się dla układy: zewnętrzny i wewnętrzny. Układ zewnętrzny obecnie składa się z 7 torów manewrowo - postojowych z systemem automatycznego sterowania SRK (planowe oddanie do eksploatacji - czerwiec 2021). Układ wewnętrzny stanowią 3 tory ładunkowe do obsługi przeładunku kontenerów i dwa tory do obsługi wagonów drobnicowych (długość użyteczna: 436m i 381m). Pełny wykaz danych technicznych torów znajduje się w „Regulaminie Bocznicy Kolejowej Zarządu Morskiego Portu Gdynia S.A.’’, dostępnej na stronie: https://www.port.gdynia.pl/pl/dla-kolei.
Dostęp do torowiska ładunkowego BCT oraz zasady prowadzenia ruchu kolejowego regulują: ,,Regulamin Bocznicy Kolejowej Zarządu Morskiego Portu Gdynia S.A.’’, ,,Regulamin dostępu do OIU’’, ,,Zasady prowadzenia ruchu kolejowego i sygnalizacji na infrastrukturze Zarządu Morskiego Portu Gdynia, S.A.”, (znajdujące się na stronie internetowej ZMPG: https://www.port.gdynia.pl/pl/dla-kolei).
Zasady awizacji składów kolejowych do obsługi w BCT oraz reguły współpracy pomiędzy operatorami kolejowymi i ich przewoźnikami kolejowymi a BCT regulują: ,, Usługi Terminalowe - Standardowe Warunki Handlowe’’, załącznik A. Regulamin Operacyjny, cz. III Lądowe Operacje Przeładunkowe, punkt C. Obsługa wagonów oraz Taryfa BCT, dostępne na stronie internetowej BCT w sekcji Ogólne warunki handlowe.
Od 1.02.2021r. w BCT funkcjonuje platforma komunikacyjna INCOS z obowiązkiem elektronicznej awizacji składów wagonowych do obsługi w BCT (https://www.incos.pl/incos/login).
Przewoźnicy manewrowi oferujący usługi podstawiania wagonów ze Stacji Gdynia Port do BCT posiadający ważna autoryzację Zarządu Morskiego Portu Gdynia: PKP Cargo S.A. Północny Zakład Spółki
CTL Północ Sp. Z o.o.
DB Cargo Polska Sp. z o.o.
Freightliner PL Sp. z o.o.
LOTOS Kolej Sp. z o. o. Serwis intermodalny w BCT
Połączenia regularne
 |
 |
 |
| BCT Gdynia - Kutno Hub (połączenie z Gliwicami i Wrocławiem) | 7 x w tygodniu | PCC Intermodal |
| BCT Gdynia - Poznań (Franowo) | 3 x w tygodniu | Loconi Intermodal |
| BCT Gdynia - Poznań (Gądki) | 2 x w tygodniu | Loconi Intermodal |
| BCT Gdynia - Warszawa (Praga) | 2 x w tygodniu | Loconi Intermodal |
| BCT Gdynia - Łódź (Olechów) | 2 x w tygodniu | Spedcont |
| BCT Gdynia - Nowe Skalmierzyce | 1 x w tygodniu | Loconi Intermodal |
| BCT Gdynia - Brzesko | 1 x w tygodniu | Freightliner |
| BCT Gdynia - Łódź (Stryków) | 1 x w tygodniu | Erontrans |
| BCT Gdynia - Kostrzyn | 1 x w tygodniu | POL-Agent |
Połączenia nieregularne
|
|
|
| BCT Gdynia - Terespol Pomorski | kilka razy w tygodniu | Primer |
| BCT Gdynia - Radomsko | kilka razy w miesiącu | Loconi Intermodal |
| BCT Gdynia - Dąbrowa Górnicza | kilka razy w miesiącu | Freightliner |
| BCT Gdynia - Swarzędz | nieregularnie | Clip Intermodal |
| BCT Gdynia - Ełk | nieregularnie | NTQ |
| BCT Gdynia - Wróblin Głogowski | nieregularnie | C. Hartwig Szczecin |
| BCT Gdynia - Inowrocław | nieregularnie | Polsin |
| BCT Gdynia - Janikowo | nieregularnie | Polsin |